Certaines caractéristiques anatomiques des oiseaux rappellent celles des reptiles ou celles desmammifères. Ils sont homéothermes et ovipares. L'anatomie des oiseaux montre beaucoup d'adaptations inhabituelles dans le règne animal, dont un grand nombre a pour but de faciliter le vol ; ces adaptations existent même chez les espèces d'oiseaux qui ne savent pas voler.
Les adaptations anatomiques pour le vol se retrouvent évidemment dans la morphologie du squelette de l'oiseau mais aussi dans celle de ses os.
Plusieurs d'entre eux sont creux et fusionnent avec les sacs aériens qui sont des organes du système respiratoire4. En fait, le squelette des oiseaux est très léger (environ 15 % du poids total de l'oiseau). Le système respiratoire des oiseaux est un des plus complexes et des plus performants du règne animal5. À la base de la trachée se trouve l'organe vocal des oiseaux, la syrinx.
Les ailes sont également une adaptation au vol, mais comme le précise la théorie de l'évolution, l'aile a précédé le vol. La transformation du membre antérieur en aile s'est accompagnée d'une réduction du nombre d'os, au niveau des phalanges, du nombre de doigts, du carpe et du métacarpe.
On note aussi diverses adaptations au niveau de la colonne vertébrale dont les vertèbres de la région cervicale qui permettent une importante flexion ou rotation du cou pour beaucoup d'oiseaux ; par contre la flexion dans la partie postérieure du corps est très limitée en raison de la fusion de certaines vertèbres (pygostyle et synsacrum). Chez les oiseaux qui volent, le sternum, très développé, porte une crête médiane appelée bréchet, servant à l'insertion des muscles du vol (muscles pectoraux).
Tous les oiseaux, même ceux qui ne volent pas, possèdent une furcula, c'est-à-dire les deux clavicules soudées.
Le squelette est aussi simplifié au niveau des membres postérieurs : le péroné, très réduit, est soudé autibia ; les os du tarse se sont soudés pour certains avec le tibia (formant le tibio-tarse) et pour d'autres avec le métatarse (formant ainsi le tarso-métatarse).
L'anatomie de leur système digestif répond à la nécessité de satisfaire à un métabolisme élevé6, le volétant un moyen de locomotion gourmand en énergie.
Comme les reptiles, les oiseaux sont munis d'un cloaque et comme eux, les oiseaux sont principalementuricotéliques, excrétant de l’acide urique et des urates et non pas amino-uréolétique (excrétion d'une combinaison d’ammoniaque et d’urée). Parmi les excréments, on trouve de la créatine alors que lesmammifères éliminent de la créatinine.
Si comme pour les mammifères et les crocodiliens, leur cœur possède quatre chambres, c'est cependant la crosse aortique de droite qui persiste alors que c'est celle de gauche chez les mammifères. De plus, les érythrocytes aviens possèdent des noyaux5,7.
Le système nerveux est, en moyenne, un peu plus volumineux que celui des reptiles mais moins que celui des mammifères. Sauf exception, l'aire visuelle est particulièrement développée ce qui témoigne des performances visuelles uniqueset l'aire olfactive est réduite sauf pour certaines espèces comme les vautours ou les kiwis8. La taille de leur télencéphale et de leur cervelet leur rend possible desvocalises étonnantes et des capacités d'apprentissage et d'abstraction assez élevées chez certaines espèces. L'œil est chez les oiseaux un organe très complexe. Les organes internes du sens de l'équilibre (canaux semi-circulaires) et de l'audition (cochlée) sont beaucoup plus développés que ceux des reptiles.
L'appareil reproducteur des oiseaux ressemble à celui des reptiles ovipares.
Certaines adaptations anatomiques peuvent dépendre du mode de vie, comme celles liées à l'alimentation, ce qui est très facilement observable au niveau desbecs et des systèmes digestifs. Elles peuvent aussi être liées à la latitude où ils vivent et donc à l'adaptation au froid ; par exemple chez les oiseaux nordiques, la circulation est à contre-courant dans les pattes, de manière à réduire les pertes de chaleur5. Certaines de ces adaptations sont temporaires : par exemple certains oiseaux migrateurs ont la capacité de réduire la taille de leurs viscères
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